技術(shù)簡介
16S rDNA是細(xì)菌分類學(xué)研究中最常用的“分子鐘”，其序列包含9個(gè)可變區(qū)（Variable region）和10個(gè)保守區(qū)（constant region）?？勺儏^(qū)因細(xì)菌而異，且變異程度與細(xì)菌的系統(tǒng)發(fā)育密切相關(guān)。通過檢測(cè)16S rDNA的序列變異和豐度，可以了解環(huán)境樣品中群落多樣性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分類鑒定、微生態(tài)研究等方面起到重要作用。
擴(kuò)增子測(cè)序就是通過對(duì)基因組目的區(qū)域進(jìn)行PCR擴(kuò)增，將目標(biāo)區(qū)域DNA擴(kuò)增富集后進(jìn)行高通量測(cè)序的研究策略。目前擴(kuò)增子測(cè)序服務(wù)主要包括細(xì)菌16SrDNA區(qū)/真菌ITS1區(qū)/真菌ITS2區(qū)/真菌18SrDNA區(qū)測(cè)序以及后續(xù)的數(shù)據(jù)分析工作，可有效研究特定環(huán)境中的物種信息，包括：物種差異、物種分類、物種豐度，對(duì)復(fù)雜環(huán)境中的微生物構(gòu)成研究有重要的指導(dǎo)作用。
16S rDNA測(cè)序 : 16SrRNA為核糖體的RNA的一個(gè)亞基，16SrDNA就是編碼該亞基的基因，存在于所有細(xì)菌基因組。16S rDNA大小適中，約1.5Kb左右，同時(shí)具有高度的保守性和特異性。16S rDNA既能體現(xiàn)不同菌屬之間的差異，又能利用測(cè)序技術(shù)較容易地得到其序列，目前已被廣泛用于病原菌的檢測(cè)和鑒定。
18S rDNA測(cè)序 : 18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。在結(jié)構(gòu)上分為保守區(qū)和高變區(qū)，保守區(qū)反映生物物種間的親緣關(guān)系，高變區(qū)反映物種間的差異。
ITS 測(cè)序: 在真核生物中，18S rDNA和28S rDNA轉(zhuǎn)錄間隔序列稱為ITS區(qū)。ITS分為兩個(gè)區(qū)域：ITS1/ITS2，ITS1位于18S和5.8S之間，ITS2位于5.8S和28S之間。ITS由于是非轉(zhuǎn)錄區(qū)，承受的選擇壓力較小，變異強(qiáng)，目前已廣泛用于真菌分類鑒定。
功能基因測(cè)序: 功能微生物是在自然界中由于其功能的重要性而受到廣泛關(guān)注的一類微生物，如硝化細(xì)菌、反硝化菌、氨氧化細(xì)菌、硫酸鹽還原菌、固氮菌、固氮菌等。每種功能微生物在分類學(xué)上可能有很大不同，但卻具有相類似的基因使其能夠發(fā)揮同樣的功能，因此使這些功能細(xì)菌發(fā)揮這種特定功能的基因就稱為功能基因，如nxrA、nirS/nirK、amoA、dsrB、nifH、nifH。功能基因測(cè)序就是針對(duì)這些功能基因設(shè)計(jì)PCR通用引物，進(jìn)行建庫高通量測(cè)序。
應(yīng)用領(lǐng)域
- 物種進(jìn)化
- 進(jìn)化分析
- 物種豐度
- 基因發(fā)現(xiàn)
- 環(huán)境與生態(tài)研究
- 疾病和個(gè)體化醫(yī)療
送樣要求
1. 樣品形式可以是新鮮菌液、斜面培養(yǎng)基、平面培養(yǎng)基。
2. 鑒定結(jié)果一般可以鑒定到種。個(gè)別菌種由于微生物數(shù)據(jù)庫相關(guān)數(shù)據(jù)缺乏，只能鑒定到屬。如遇這種情況，正常收費(fèi)。
3. 請(qǐng)您提供至少純化三次以上的菌株，由于菌種不純會(huì)導(dǎo)致測(cè)序出現(xiàn)套峰，因此鑒定結(jié)果會(huì)有所誤差。如遇這種情況，正常收費(fèi)。
交付結(jié)果
微生物物種鑒定報(bào)告單(PCR電泳圖，物種鑒定對(duì)比結(jié)果)、測(cè)序圖譜。
